Das UKJ erhielt 2020 die Bewilligungen für wissenschaftliche Projekte im Umfang von mehr als 32 Millionen Euro. Im Jahr 2019 konnten über 26 Millionen Euro Drittmittel eingeworben werden.

Die 2019 verausgabten Drittmittel setzen sich aus 28,1 Millionen Euro für laufende Aufwendungen, 11,3 Millionen Euro für Investitionen und 4,3 Millionen Euro Overhead zusammen. 2020 wurden Drittmittel in Höhe von 28,4 Millionen Euro für laufende Kosten und 13,0 für Investionen aufgewandt werden, der Overhead betrug 4,2 Millionen Euro.

Ihre Forschungsergebnisse veröffentlichten die Wissenschaftler am Uniklinikum Jena 2020 in 1202 Artikeln (2019: 1017) mit einem summarischen Impact von 6427 Punkten (2019: 4218) in begutachteten internationalen Fachjournalen. Sie schrieben 42 (45) Lehrbuchartikel und vier (drei) Lehrbücher und arbeiten darüber hinaus in zahlreichen Herausgebergremien mit. 

Auf Erfindungen aus dem UKJ wurden 2019 sechs und 2020 sieben Patente erteilt.

In den Jahren 2019 und 2020 konnten am UKJ zahlreiche öffentlich geförderte Forschungsprojekte begonnen werden, insgesamt

• 14 vom Freistaat Thüringen geförderte Projekte,
• 47 DFG-Projekte,
• fünf europäische Forschungsverbünde,
• 70 vom Bund unterstützte Projekte,
• 61 Vorhaben, die von Stiftungen gefördert werden.

An der Medizinischen Fakultät arbeitet die Ethikkommission der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Das Zentrum für klinische Studien des UKJ unterstützt als Dienstleister die klinische Forschung. Die Kliniken des UKJ betreiben zahlreiche Studienambulanzen. 

In den Jahren 2019 und 2020 nahm das UKJ die Teilnahme an 39 multizentrischen Phase-I/II-Studien auf und begann die Teilnahme an vier Phase- II/III-Studien und an 95 multizentrischen Phase-III/VI-Studien. In dem Zeitraum wurden am UKJ 26 klinische Studien nach AMG geleitet, sechs davon selbst initiiert, und außerdem weitere interventionelle und nicht-interventionelle Studien. Das UKJ leitet große, öffentlich geförderte Studien:

• PETN-Geburtshilfe,
• ARISS-Sepsisintensivmedizin
• FRESCO-Stuhltransplantation
• CONNECT- Neuroimmunologie

Zur gezielten Unterstützung des wissenschaftlichen Nachwuchses konnte die Medizinische Fakultät 2019 und 2020 öffentliche Fördermittel einwerben:

• Graduiertenschule Jena School of Molecular Medicine: Carl-Zeiss-Stiftung 
• zweite Förderphase für das Else Kröner-Forschungskolleg AntiAge
• im Rahmen der EU-geförderten Innovative Training Networks TIPAT, ONCORnet, SmartAge
• Nachwuchsgruppe im SMITH-Konsortium. 

Das Interdisziplinäre Zentrum für Klinische Forschung dient als Dach der Nachwuchsförderprogramme, die entsprechend der Empfehlungen von Wissenschaftsrat und DFG neu strukturiert und in den neuen Förderlinien Clinician Scientist, Advanced Clinician Scientist, Medical Scientist und Advanced Medical Scientist 2019 erstmals ausgeschrieben wurden.  In den Jahren 2019 und 2020 konnten insgesamt

• 65 Promotionsstipendien (davon 44 Frauen)
• 25 Clinician Scientist-Förderungen (14 Frauen)
• 6 Advanced Clinician Scientist-Förderungen (alles Frauen)
• 9 Medical Scientist-Förderungen (6 Frauen)
• 10 Advanced Medical Scientist- Förderungen (6)

vergeben werden. Die Internationalisierung der Nachwuchsförderung wird u.a. über die jährlich stattfindende Summer School Molecular Medicine gewährleistet, die vom DAAD gefördert wird. 2019 beteiligten sich 23 Wissenschaftler (16 Frauen) aus 13 Ländern. 10 wurden im kompetitiven Verfahren für ein Promotionsprojekt in Jena gewonnen. Pandemiebedingt konnte 2020 die Summer School nicht stattfinden.

Die Lehrveranstaltungen für die über 2500 Studierenden der Medizinischen Fakultät Jena mussten im Frühjahr 2020 schlagartig und fast ausnahmslos auf Online-Angebote umgestellt werden. Mit großem Engagement  und Improvisationstalent erarbeiten die Lehrenden digitale Lehrveranstaltungen.

Dabei bieten Studiendekanat, IT-Abteilung, Medienzentrum und studentische Hilfskräfte methodische und technische Unterstützung in der Arbeitsgruppe Digitale Lehre an. Investitionen in Hard- und Software schaffen sukzessive bessere technische Voraussetzungen. Exemplarisch seien die 1.183 Lehrvideos genannt, die 2020 produziert und 117.872-mal auf der DOSIS-Plattform aufgerufen wurden.