Die Anfänge
Die Medizinische Fakultät gehörte im Jahre 1558 zu den Gründungsfakultäten der Universität Jena, deren erster Rektor, Johannes Schröter, Professor der Medizin war. Dem seit 1553 in Jena tätigen Sohn eines Weimarer Bürgermeisters und ehemaligen Leibarztes Kaiser Ferdinands I. war es nach intensiven Verhandlungen am Wiener Hof gelungen, die Erhebung des seit dem 19. März 1548 bestehenden "Akademischen Gymnasiums" in den Rang einer durch den Kaiser privilegierten Universität zu erreichen.
Janus Cornarius (1500-1558) war der erste Dekan der Jenaer Medizinischen Fakultät. Die mit der Statutenunterzeichnung durch den Landesherrn Herzog Johann Friedrich II. am 25. Januar 1558 offiziell eröffnete Ernestinische Universität in Jena war die erste neugegründete protestantische Landesuniversität, die das Promotionsrecht für alle Fakultäten einschließlich der Theologischen besaß. Als erster Dekan der Medizinischen Fakultät wirkte mit Janus Cornarius ein bedeutender Vertreter der philologischen Heilkunde, zu dessen wichtigsten Leistungen die Übersetzung zahlreicher Handschriften aus dem Altgriechischen ins Lateinische gehörte. Damit trug er nahezu das gesamte Wissen der Medizin der damaligen Zeit zusammen und machte es für die Studentenausbildung handhabbar. Deren Grundlage bildeten nach den Statuten der Medizinischen Fakultät von 1558 und 1591 vor allem die Werke der antiken Autoritäten Galen und Hippokrates, aber auch der mittelalterlichen Gelehrten Avicenna und Rhazes. Die Leistungen zeitgenössischer Gelehrter wie Vesal oder auch Paracelsus fanden zu jener Zeit zunächst nur bei einigen wenigen Medizinprofessoren - zu jenen gehörte in Jena beispielsweise Andreas Ellinger - Beachtung.
Dennoch finden sich bereits in der Mitte des 16. Jahrhunderts manche Ansätze praktischer Untersuchungen. Gefördert wurde beispielsweise das Studium der Botanik und hier vor allem der Heilkräuter. Auf Initiative Johannes Schröters wurde beispielsweise ein 1586 erstmals erwähnter Medizinischer Garten (Hortus Medicus), einer der ältesten in Mitteleuropa, zur Gewinnung von Heilpflanzen und "allen Studiosis Medicinae zum besten", angelegt.