Die Amtszeit des Fakultätsrates beträgt drei Jahre. Seine Aufgaben und Rechte sind im Thüringer Hochschulgesetz verankert:

Der Fachbereichsrat entscheidet in Angelegenheiten der Forschung und Lehre von grundsätzlicher Bedeutung. Ihm obliegen insbesondere folgende Aufgaben:

• die Aufstellung von Grundsätzen für die Verteilung und den wirtschaftlichen und aufgabengerechten Einsatz der Mittel für Forschung und Lehre,
• den Beschluss der Satzungen des Universitätsklinikums Jena mit Ausnahme der Grundsatzung und der Gebührenordnung,
• die Stellungnahme zur Gebührenordnung des Universitätsklinikums Jena,
• die Erklärung des Einvernehmens zu den Vorschlägen des Klinikumsvorstands für die Grundsatzung und für die Struktur- und Entwicklungsplanung und deren Fortschreibung, soweit wesentliche Angelegenheiten von Lehre und Forschung betroffen sind, sowie die Stellungnahme hierzu im Übrigen,
• die Beschlussfassung über Berufungsvorschläge.