Die Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Gefäßchirurgie des Universitätsklinikums Jena deckt fachlich das komplette Spektrum des Fachs ab. Die Chirurgie des Uni-Klinikums Jena bietet dazu alle modernen Behandlungsverfahren an. Dabei gewährleistet die Verfügbarkeit aller modernen und schonenden Techniken und Verfahren wie auch die konsequente Kooperation mit den anderen Kliniken und Fachbereichen des Universitätsklinikums in jedem Fall eine optimale Versorgung. Zur Anwendung kommen dabei neben den klassischen Operationen über Bauchschnitt die laparoskopische Chirurgie (minimalinvasiv), die robotergestützte Chirurgie (Da-Vinci-OP-Roborter) wie auch gemeinsame Vorgehensweisen mit Endoskopikern oder Radiologen (interventionelles Vorgehen).
Die zentralen Behandlungsschwerpunkte der Klinik für Allgemein-, Visceral- und Gefäßchirurgie sind dabei die Behandlung von Tumoren des Gastrointestinaltrakts (Speiseröhre, Magen, Zwölffingerdarm, Dünn- und Dickdarm, Leber, Pankreas, Milz), die Transplantationschirurgie und die Gefäßchirurgie. Diese Arbeitsschwerpunkte werden in allen Fällen durch übergeordnete interdisziplinäre Zentren koordiniert. Aber auch alle Eingriffe der allgemeinchirurgischen Regelversorgung werden selbstverständlich durchgeführt.
In allen Tätigkeitsbereichen der Klinik sichern umfassende Qualitätssicherungs-systeme (Zertifizierung als Visceralmedizinisches Zentrum mit Darmkrebs-, Pankreas-, Leber- und Speiseröhrenzentrum, CIRS-Reporting-System) eine durchgehend hohe Behandlungsqualität.