Der Geschäftsbereich Rechnungswesen & Controlling erfüllt die Aufgaben des internen und externen Rechnungswesens, der Wirtschaftsplanung, des Controllings betriebswirtschaftlicher Prozesse sowie der Vorbereitung und Durchführung der Entgeltverhandlungen mit den Krankenkassen. Der Geschäftsbereich ist in drei Abteilungen untergliedert:
Aufgaben der Abteilung Betriebswirtschaft sind die Erstellung der Kosten- und Leistungsrechnung und des monatlichen Berichtswesens für den Vorstand und die Struktureinheiten des UKJ. Das Controlling der Kosten- und Erlösentwicklungen der Struktureinheiten erfolgt über die der Abteilung zugeordneten betriebswirtschaftlichen Betreuer. Zu den Aufgaben der Abteilung gehört auch die Aufstellung des Entwurfs des Wirtschaftsplans sowie die quartalsmäßige Berichterstattung zur Geschäftsentwicklung an den Verwaltungsrat des UKJ.
Die Abteilung Drittmittelservice und wissenschaftliche Dienstleistungen ist verantwortlich für die zuwendungsgerechte Bewirtschaftung von geförderten wissenschaftlichen Projekten. Sie stellt das administrative Bindeglied zwischen den Projektträgern (DFG, BMBF, Stiftungen, Industrie usw.) und den wissenschaftlich Tätigen am UKJ dar.
Die Abteilung Finanzbuchhaltung besteht klassisch aus den Bereichen Kreditoren-, Debitoren- und Anlagenbuchhaltung sowie der Hauptbuchhaltung. Hier werden alle Geschäftsvorfälle des UKJ nach den Grundsätzen der Bilanzierung des HGB verbucht und der Jahresabschluss des UKJ aufgestellt. Zu den Aufgaben der Abteilung gehört auch die Liquiditätssteuerung und –planung. Des Weiteren werden in der Abteilung alle steuerlich relevanten Sachverhalte bearbeitet.