Durch umfangreiche Recherchen können wir sicherstellen, dass der Virtuelle Histokasten Jena keine Präparate enthält, die von Opfern des Nationalsozialismus stammen. Ein separater Bericht zu diesen Nachforschungen ist im Sekratariat des Instituts für Anatomie II erhältlich.
Ein kleinerer Teil der Präparate stammt aus privaten Sammlungen und aus der Kurssammlung des Instituts für Zoologie der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Darüber hinaus sind makroskopische Scheibenplastinate aus dem Bestand des Instituts für Anatomie I des Universitätsklinikum Jena enthalten.
Präparate, die älter als 50 Jahre sind, wurden zumeist mit dem Naturprodukt „Kanadabalsam“ eingedeckt, welches sich mit der Zeit gelbbraun verfärbt. Dies erklärt den – trotz digitaler Korrektur – leicht gelben, zuweilen inhomogenen Hintergrund einiger Datensätze.