Zur Digitalisierung werden die Präparate von uns mit speziellen Mikroskopsystemen automatisiert abgetastet. Dies erfolgt bildfeld- und zeilenweise und ergibt vergleichsweise große Rohdatensätze, zumeist im Bereich von 2–20 Gigapixel pro Präparat.
Aus den Rohdaten erzeugen wir mit Hilfe von Algorithmen, die wir selbst im Institut für Anatomie entwickeln, sogenannte Bildpyramiden in gestufter Vergrößerung und zerlegen diese wiederum in Bildfragmente („Kacheln“). Für ein einzelnes Präparat generieren wir so bis zu 100.000 kleine Bilddateien, die auf einem Datenserver des Universitätsklinikums Jena vorgehalten werden.
