Die Klinik für Herz- und Thoraxchirurgie der Friedrich-Schiller Universität Jena führt seit Ihrer Eröffnung im Jahre 1999 sowohl Herz- als auch Lungentransplantationen (und Herz-Lungen-Transplantationen) durch. Hierdurch konnte eine wichtige Versorgungslücke für Thüringen geschlossen werden. Bis heute hat sich die Transplantationsmedizin an der Friedrich-Schiller Universität Jena zu einem wichtigen überregionalen Transplantationszentrum für den ganzen mitteldeutschen Raum entwickelt.
Neben Herz- und Lungentransplantationen werden auch kombinierte Herz-Lungen-Transplantationen, Herz-Nieren-Transplantationen und Herz-Leber-Transplantationen gemeinsam mit den Kliniken für Allgemein- und Visceralchiurgie sowie Urologie durchgeführt. Auch in höherem Lebensalter (> 65 Jahre) sind Herz- und Lungentransplantationen heute möglich, wenn keine schweren zusätzlichen Erkrankungen vorliegen.