Zur Sortierung von Zellen mit magnetischen Beads steht am Institut für Immunologie ein autoMACS zur Verfügung. Grundlage dieses Separationsverfahrens ist das Markieren von Zelloberflächenmolekülen mit Antikörpern, an die Magnetpartikel gekoppelt sind. Es können sowohl positive als auch negative Selektionen (Ausschluss unerwünschter Zellpopulationen) zum Einsatz kommen. Vorteile dieser Sortiermethode ist die hohe Geschwindigkeit (1x10^7 Zellen/sec.) bei gleichzeitig sehr schonender Sortierung. Durch die standardisierten Abläufe (Druck, Flussrate) sind die Sortierergebnisse sehr reproduzierbar. Diese Methode ist mit der Durchflusszytometrie voll kompatibel, so dass die Zellen sowohl analysiert als auch weiter in Subpopulationen sortiert werden können.