Motivationsphase: Rekrutierung der Studenten
Vorbereitungsphase (I). Im 5. und 6. Semester, 12 Monate vor Beginn der experimentellen Projektarbeit, erfolgt die Auswahl der Studierenden und der Projekte und das „Matching“ von Betreuern und Doktoranden. Die Vorbereitungsphase selbst wird bestimmt durch ein spezielles Kursprogramm Wissenschaftspropädeutik, eingebettet in das JEnaer Neigungs-Orientiertes Studium (JENOS) sowie durch individuelle Förderung bei der Projektentwicklung und der Erarbeitung des Forschungsplanes.
Kernförderphase (II). Im zweiten Jahr erfolgt die intensive Forschungsphase. In dieser Zeit werden die Experimente im Labor bzw. die praktischen Arbeiten zur Dissertation durchgeführt. Die Promovierenden nehmen eine garantierte Forschungsauszeit von zwei Semestern und erhalten ein Stipendium zur Sicherung des Lebensunterhaltes. Diese vergleichsweise lange Phase der Freistellung hat folgende Aspekte: Sie ermöglicht (i) methodisch anspruchsvolle Methoden in die Arbeit einzubeziehen, die gewöhnlich längere Einarbeitungszeiten voraussetzen, (ii) die Integration in die Arbeitsgruppen sowie den Aufbau von Kontakten und wissenschaftlichem Austausch innerhalb und außerhalb der Arbeitsgruppe und (iii) die Einbeziehung von Aufenthalten in nationalen und internationalen Partnerlaboren, sofern dies die Forschungsthematik erfordert. Die Doktoranden sollen Teil der wissenschaftlichen Gemeinschaft werden und später auf den gewonnenen Erfahrungen und Netzwerken aufbauen können.
Nachbereitungsphase (III). Nach Abschluss der einjährigen Forschungszeit der Promovierenden erfolgt ihre Wiedereingliederung in das Medizinstudium (7.-9. Fachsemester, je nach Freistellungsbeginn). Zudem finden im dritten Jahr die Abschlussarbeiten, die Verteidigung, das Publizieren und die weitere Teilnahme an Veranstaltungen statt - unter kontinuierlicher Unterstützung des Betreuers und des Promotionskollegs. Es ist das Ziel des Promotionskollegs, dass alle Promovierenden eigene Publikationserfahrungen sammeln.
Individuelle Abweichungen von diesem Plan sind möglich, ebenso die Integration eines Master of Molecular Medicine oder Photonics, sowie die nachfolgende Erlangung eines PhD an der Medizinischen Fakultät in einem verkürzten Verfahren.
Übernahme auf eine Weiterbildungsstelle nach Abschluss des Studiums. Nach erfolgreichem Abschluss von Studium und Promotion wird jeder Doktorand ein Angebot für eine anschließende Facharztausbildung am Klinikum erhalten, mit der Möglichkeit einer weiterführenden wissenschaftlichen Tätigkeit.