Bei der Endoskopie wird ein flexibler, beweglicher Schlauch mit Licht und Kamera in den Magen-Darm-Trakt eingeführt. So kann eine minimal-invasive Beurteilung des gesamten Gastrointestinaltrakts, sowohl bildgebend als auch durch Entnahme von Gewebeproben erfolgen. Hochauflösende Videoendoskope der neuesten Generation ermöglichen dabei an der Uniklinik Jena eine optimale Schleimhautbeurteilung. Therapeutisch können mit dem Endoskop akute Probleme wie zum Beispiel Blutungen aus dem Magen-Darm-Trakt durch endoskopische Blutstillung oder Gallenwegsinfektionen durch die Entlastung gestauter Gallenwege per Gallengangsspiegelung (ERCP) behoben werden. Auch in der Vorsorge spielt die Endoskopie durch die Erkennung und Abtragung von Polypen (= potentielle Krebsvorstufen) im Darm eine wichtige Rolle. Wird Krebs in der Frühphase erkannt, ist zudem unter bestimmten Voraussetzungen eine alleinige endoskopische Entfernung und damit Vermeidung einer Operation möglich.