Das Zentrum für ambulante Medizin-Uniklinikum Jena gGmbH wurde durch die Kassenärztliche Vereinigung Thüringen als Medizinisches Versorgungszentrum (MVZ) nach § 95 Abs. 1 SGB V zugelassen. Mit der Inbetriebnahme des MVZ sollen in enger Kooperation mit dem Universitätsklinikum Jena die Schnittstellen zwischen ambulanter und stationärer Versorgung optimiert und ein Beitrag zur weiteren Verbesserung der Qualität der Patientenversorgung am UKJ geleistet werden. Diese Organisationsform der integrierten Versorgung wurde mit den in 2004 verabschiedeten neuen Gesetzlichkeiten (Gesetz zur Modernisierung der gesetzlichen Krankenversicherung) möglich, wobei Ärzte unterschiedlicher Fachgebiete sowie andere medizinische Leistungserbringer unter einem Dach eng zusammenarbeiten und so die Synergieeffekte im Interesse der Patienten genutzt werden können.
Das MVZ ist eine einhunderprozentige Tochter des Universitätsklinikums Jena und wurde im Gebäude des ehemaligen Nothilfezentrums des UKJ in der Innenstadt eingerichtet. Es soll perspektivisch mit der Erweiterung des fachübergreifenden Leistungsspektrums an die Erfolge der bekannten Polikliniken anknüpfen. Durch die enge Vernetzung der Praxen mit einer einheitlichen Praxissoftware werden Doppeluntersuchungen und lange Wartezeiten für die Patienten vermieden werden. Durch die gemeinsame Nutzung von Räumen und Geräten wird ein wirtschaftlicheres Arbeiten möglich. Zudem werden administrativen Tätigkeiten für die Ärzte, wie Materialbeschaffungen, Buchhaltung, Beauftragung von Dienstleistungen u.s.w. zentral übernommen und entlasten den Arzt zu Gunsten seiner Patienten.